Si los ateos son tan científicos, ¿por qué no pueden probar que Dios no existe?

Si los ateos son tan científicos,

Primer error.

Ser ateo no esta directamente relacionado con aceptar la ciencia como la mejor herramienta posible para interpretar la naturaleza.
De hecho, la mayor parte de los creyentes también aceptan la ciencia como la mejor herramienta posible para interpretar la naturaleza, porque aceptar la ciencia no tiene nada que ver con creer o no creer en dioses y muchísimo que ver con la inteligencia y la educación de la persona.
O sea, salvo los idiotas y los ignorantes, el resto de las personas aceptan a la ciencia como la mejor herramienta posible para interpretar la naturaleza.

¿por qué no pueden probar que Dios no existe?

Bueno, por esa cosa de que no se puede probar una premisa negativa, bla bla bla. Lo que es una falacia y una creencia falsa pero bueno, algo de verdad tiene.

Digo, uno puede probar una premisa negativa. Si yo digo "No hay leche en la heladera" y luego abro la heladera y compruebo que no hay leche he probado una premisa negativa, No hay leche en la heladera porque, efectivamente, no hay leche en la heladera.
Claro, como la leche existe, uno sabe que si no está en la heladera de uno estará en la heladera de otra persona, o en el supermercado, el tambo, las tetas de las vacas y en los otros lugares donde se puede encontrar leche.

Ahora, si la premisa es No hay pentotato de pototio en la heladera la cosa se complica, porque la ausencia de pentotato de pototio en mi heladera no es prueba de la inexistencia del pentotato de pototio. Y no importa que tampoco lo esté en heladera de otra persona, o en el supermercado, el tambo, las tetas de las vacas y en los otros lugares del universo en los que podemos verificar la presencia o no de pentotato de pototio. Como la existencia del pentotato de pototio es una incognita siempre existe un lugar no verificado en el cual el pentotato de pototio podría existir. No importa que hayamos verificado en novecientos trillones de lugares, siempre existe el lugar número novecientos trillones uno en el que el pentotato de pototio podría existir.

Así planteada la cosa, la inexistencia del pentotato de pototio es imposible de demostrar.

Ahora bien, si en lugar de decir El pentotato de pototio no existe decimos El pentotato de pototio es imaginario, la cosa cambia enormemente, pese a que en esencia es lo mismo.

¿Cómo demostramos que el pentotato de pototio es imaginario?

Bueno, porque todas las menciones al pentotato de pototio aparecen en productos de la imaginación humana. Concretamente, en esta respuesta, en viejos sketchs cómicos de la televisión argentina, quizás en versiones radiales aún más viejas de esos pasos de comedia y en comentarios de gente memoriosa o con varios años encima que recuerda una época cuando con cualquier pelotudez hacías humor.
No hay evidencia del pentotato de pototio fuera de estos productos culturales humanos y, de hecho, no se sabe qué corno es el pentotato de pototio excepto que probablemente sea un compuesto químico (casi con seguridad una sal) porque su nombre sigue más o menos las convenciones de la IUPAC. Justamente (si mi memoria no me falla), el chiste del pentotato de pototio es que nadie sabía qué era.

O sea, el hecho de que todo lo que sabemos acerca del pentotato de pototio proviene únicamente de productos socioculturales —es decir, productos de la imaginación humana— nos da la certeza de que el pentotato de pototio es imaginario.

Un criterio similar aplicamos para afirmar que los dragones son imaginarios.
Los dragones solo aparecen en historias sobre dragones y otros productos culturales sobre dragones. Fuera de las historias, no hay evidencia de la existencia de los dragones.
O sea, los dragones son imaginarios.

Y lo mismo uno aplica para elfos, duendes, fantasmas, unicornios, pitufos y cualquier otra criatura fantástica. No hay evidencia de su existencia excepto que existen en la imaginación humana, por lo tanto, son imaginarios.

Este mismísimo criterio incluso lo aplican los creyentes de ciertos dioses sobre los dioses de otras religiones. Cualquier cristiano acepta sin problemas que Anubis es imaginario porque, salvo algunos dibujos en las paredes de templos egipcios, algunas estatuas en pirámides, cientos de imágenes en internet y unas cuantas historias sobre él en diversos textos egipcios, no hay evidencias de Anubis en el mundo real.

Bueno, ese mismísimo criterio es el que los ateos aplicamos sobre todos los dioses, incluso sobre el que vos creés que existe.
¿Por qué? Porque tu dios no es la excepción. Sólo aparece en productos de la imaginación humana, por lo tanto es imaginario.

Y he aquí otras dos respuestas en las que repito más o menos este mismo razonamiento pero quizás con más elegancia así que te recomiendo leerlas: