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AdriAnA LozAno CeCiLiA BACCA ViLmA Pinzón CLAudiA rozo www.utadeo.edu.co B io Q U ÍM iC A Facultad de Ciencias Naturales e ingienería Departamento de Ciencias Básicas B i o Q U Í M i C A estruCturA y funCión de BiomoLéCuLAs B i o Q U Í M i C A estruCturA y funCión de BiomoLéCuLAs 2 1 www.utadeo.edu.co BIOQUÍMICA Estructura y Función de Biomoléculas http://www.utadeo.edu.co 2 © Fundación Universidad de Bogotá Jorge Tadeo Lozano Carrera 4 Nº 22-61 – PBX: 242 7030 – www.utadeo.edu.co Bioquímica: estructura y función de biomoléculas isbn: 978-958-725-024-4 Segunda edición: 2014 Rectora: Cecilia María Vélez White Vicerrector Académico: Diógenes Campos Romero Decano Facultad de Ciencias Naturales e Ingeniería: Isaac Dyner Director Departamento Ciencias Básicas: Favio Cala Vitery Coordinación editorial: Henry Colmenares Melgarejo Revisión de textos: Taller de Edición - Luis Rocca Diseño y diagramación: Francisco Jiménez Montero Diseño de portada y retoque de gráficas: Samuel Fernández Castro Impresión digital: Imageprinting Ltda. Prohibida la reproducción total o parcial por cualquier medio sin autorización escrita de la Universidad. im p r e s o e n Co l o m b i a pr i n t e d i n Co l o m b i a Bioquímica: estructura y función de biomoléculas / Adriana Lozano … [et ál.]. – Bogotá : Fundación Universidad de Bogotá Jorge Tadeo Lozano, 2009. 132 p.; 24 cm. isbn: 978-958-725-024-4 1. BIOQUÍMICA. 2. BIOMOLÉCULAS I. Lozano, Adriana. Cdd572’b524º http://www.utadeo.edu.co 3 DEPARTAMENTO DE CIENCIAS BÁSICAS ÁREA DE QUÍMICA Adriana Lozano Cecilia Bacca Vilma Pinzón Claudia Rozo www.utadeo.edu.co BIOQUÍMICA Estructura y Función de Biomoléculas http://www.utadeo.edu.co 4 5 Contenido Introducción ............................................................. Capítulo i Grupos funcionales ................................................... Capítulo ii Carbohidratos ........................................................... Capítulo iii Lípidos ...................................................................... Capítulo iv Aminoácidos, péptidos y proteínas ........................... Capítulo v Bases nitrogenadas, nucleósidos y nucleótidos ......... Capítulo vi Membrana celular .................................................... Capítulo vii Enzimas y vitaminas ................................................. Referencias bibliográficas ........................................ 7 9 21 29 39 69 81 89 125 6 7 introduCCión Actualmente la educación superior, dentro del contexto de la globalización, se está orientando hacia el sistema de créditos en el que el trabajo autónomo e independiente del alumno es un aspecto fundamental para la formación académica y profesional. De acuerdo con lo anterior, las docentes de bioquímica del Departamento de Ciencias Básicas de la Facultad de Ciencias Naturales e Ingeniería de la Universidad de Bogotá Jorge Tadeo Lozano, diseñaron este cuadernillo para apoyar el trabajo independiente de los estudiantes de programas de educación superior en cuyo currículo se encuentre la asignatura de bioquímica. El presente texto se enfoca en los aspectos fundamentales de la bioquímica estructural de las principales biomoléculas, valga decir, carbohidratos, lípidos, aminoácidos, péptidos, proteínas, enzimas, vitaminas y ácidos nucleicos. Se incluye también un capítulo sobre la estructura y función de la membrana celular, donde se evidencia la importancia de las biomoléculas. En cada capítulo se proponen tres tipos de ejercicios. El primer grupo se relaciona con el reconocimiento de los elementos estructurales como grupos funcionales, tipos de cadenas hidrocarbonadas, estereoquímica, diferenciación y reconocimiento global de los distintos tipos de biomoléculas y las propiedades químicas y biológicas derivadas de la naturaleza estructural de las moléculas estudiadas. El segundo, ofrece preguntas de análisis e interpretación de textos, esquemas y gráficas, y el último presenta preguntas en las que el estudiante debe hacer consulta bibliográfica en textos, revistas, Internet o documentos anexos que también han sido elaborados por los docentes. Los ejercicios se plantean en diferentes formatos para brindar al estudiante la oportunidad de autoevaluarse de diversas maneras, tales formatos incluyen la 8 selección múltiple con única respuesta, selección múltiple con varias respuestas, apareamiento y pregunta abierta. Finalmente, es importante resaltar que además del trabajo independiente y presencial facilitado con esta cartilla, el estudiante puede contar en todos los casos con la asesoría de los docentes. 9 1.1. En la siguiente tabla se muestran las fórmulas estructurales de varios medicamentos, cada uno tiene propiedades diferentes de acuerdo con los grupos funcionales presentes. Para cada medicamento señale y nombre todos los grupos funcionales. mediCamento usos Salbutamol OH OH HO HN N CH3 CH3 Se utiliza en la prevención y tratamiento de la respiración entrecortada provocada por el asma. Funciona al relajar y abrir las vías respiratorias. Aspirina OH O O O CH3 Analgésico, antipirético y antiinflamatorio. Inhibe la síntesis de las prostaglandinas responsables del dolor, la fiebre y la inflamación. Grupos funcionales Capítulo i 10 Morfina HO O HO CH3N Mor�na Analgésico (dolor intenso) que actúa sobre el sistema nervioso. Zidovudina HO O CC C C H H HH H H N C CN C O C CH2 + CH3 N3 Zidovudina O H Antibiótico que se usa solo o con otros medicamentos para tratar las infecciones derivadas de la acción del virus del VIH. Desacelera la propagación de la infección en el cuerpo. Bumetanida O O NH SO2NH2 HO Bumetanida CH3 Diurético, reduce la inflamación y retención de líquido provocadas por varias enfermedades. Funciona al hacer que los riñones eliminen el agua y la sal innecesaria del cuerpo a través de la orina. 11 Tetraciclina O N O O NH2 Tetraciclina HO OH OH OH Antibiótico que inhibe la síntesis proteica de las bacterias, al unirse de forma reversible a sus ribosomas. Amiodarona O O I I O N CH3 CH3 CH3 Antiarrítmico y vasodilatador, reduce la contractilidad del músculo cardíaco y relaja las arterias coronarias, funciona retardando la repolarización y aumentando la duración del potencial de acción en las membranas. Se usa como tratamiento de las arritmias graves y luego de cirugías con by-pass coronario. 1.2. En la columna de la izquierda están las fórmulas estructurales de varios desinfectantes que se usan sobre la piel. Relacione la estructura de estos compuestos con alguno de los grupos funcionales de la columna de la derecha. a) Glutaraldehído OO 1. Hidroxilo de fenoles b) p-Cresol OHH3C 2. Halógeno de halogenuros de alquilo o arilo 12 c) Ácido benzoico C C C C COOHH H H H H C C 3. Carboxilo de ácidos carboxílicos d) Triclocarban Cl Cl Cl O N N H H 4. Carbonilo de aldehídos 1.3. Los siguientes compuestos son principios activos de la familia de las benzodiacepinas, que se utilizan en medicamentos para el tratamiento contra la ansiedad. Indique ¿cuál(es) presenta(n) los grupos funcionales: carboxilo de ácidos carboxílicos, hidroxilo de alcoholes y amido de amida monosustituida? Diazepam Clorazepato Lorazepam Cl ON N CH3 Cl ON H N CO2H Cl Cl ON H N OH 1.4. A continuación encontrará tres estructuras de monosacáridos, para cada una de ellas indique si es a. aldosa o cetosa. b. tetrosa, pentosa o hexosa. C. epímero de la glucosa, psicosa o treosa. 13 O O O OH OH OH OH OH OH OH HO H H OHH OH OH HH H HO H HO HH D-eritrosa D-sorbosa D-galactosa a. ______________ ______________ ______________ b. ______________ ______________ ______________ C. ______________ ______________ ______________ 1.5. La vitamina A (retinol), cuya estructurase muestra a continuación, presenta cinco dobles enlaces conjugados. ¿Qué tipo de isomería está presente en los enlaces insaturados de esta vitamina? Explique su respuesta. H3C Vitamina A CH3 CH3 CH3 CH3 OH 1.6. Dibuje la estructura del retinal y del ácido retinoico. ¿Cuál es la principal diferencia de estos dos compuestos con respecto al retinol?, ¿qué tipo de vitámeros son? 14 1.7. Para el siguiente hidrocarburo insaturado indique cuáles dobles enlaces tienen isomería geométrica y si son cis o trans. Explique. ¿Cuántos isómeros geométricos tiene esta sustancia? Dibújelo(s). H2C CH2 1.8. Dibuje tres isómeros de cadena del 2, 2, 3, 3-tetrametilbutano. H3C CH3 CH3 CH3 CH3 CH3 1.9. Dibuje dos isómeros de función que tengan como fórmula molecular C4H8O. 1.10. Dibuje la estructura y tres isómeros de posición del 5-cloro-3-heptanona. 1.11. Para la glucosa (Fischer) dibuje la estructura de O OHH OHH OH OH H HO H a. un enantiómero. b. un epímero. C. estructura de α- D-piranósido. d. estructura de β-d-piranósido. 15 1.12 Estudios realizados sobre la composición del aroma del lulo encontraron que está constituido por 76 componentes volátiles de los cuales 65 están completamente identificados y distribuidos así: ésteres (54.9%), alcoholes alifáticos y terpénicos (30.7%), hidrocarburos (12.4%) y otros compuestos (2%). Los compuestos mayoritarios fueron: propionato de metilo, butirato de metilo, acetato de butilo, (E)-2-butenoato de metilo, acetato de 3-metilbutilo, hexanoato de metilo, (E)-2-metil-2-butenoato de metilo, acetato de (Z)-3- hexenilo, benzoato de metilo, (Z)-3-hexenol, linalol y α-terpineol. a. Dibuje la estructura de los 12 compuestos mayoritarios presentes en el aroma del lulo. b. ¿Cuál (es) son los grupos funcionales principales presentes en estos compuestos? 1.13. El nylon es un polímero sintético (poliamida) que se obtiene generalmente por la condensación de un ácido dicarboxílico y una diamina (monómeros). Este polímero fue descubierto en 1935, patentado en 1938 y usado inicialmente en la fabricación de medias veladas y cerdas de los cepillos de dientes; además en la segunda guerra mundial se utilizó para la fabricación de cuerdas y paracaídas. Hoy en día el nylon se encuentra en piezas de maquinaria, herramientas, hilos y textiles entre otros, y aunque hay varios tipos de este polímero, los más comunes son el 6 y el 66. a. ¿Cuáles son los monómeros de estos dos tipos de nylon? b. ¿Cómo se representa la estructura de estos dos polímeros? 1.14. Los colorantes pueden ser naturales o sintéticos y se usan para potenciar o dar color a fibras, alimentos y otros. En la industria de alimentos se utiliza un número restringido de éstos, ejemplos son la cúrcuma y la cochinilla que son naturales, o la tartrazina y la indigotina los cuales son sintéticos. Dibuje la estructura de los colorantes mencionados señalando sus grupos funcionales y consulte la fuente de extracción de los naturales. 16 N úm er o de pr io ri da d Ti po d e co m pu es to Fó rm ul a ge ne ra l N om br e de l g ru po fu nc io na l Fó rm ul a ab re vi ad a N om en cl at ur a co m o fu nc ió n pr in ci pa l N om en cl at ur a co m o fu nc ió n se cu nd ar ia 1º Á ci do s ca rb ox íli co s O C R O H C ar bo xi lo -C O O H , -C O 2H Á ci do p re fij o # át om os d e ca rb on o- oi co C ar bo xi 2º A nh íd ri do s O C R O O C R A nh íd ri do d e ác id o -C 2O 3- A nh íd ri do p re fij o # át om os de c ar bo no -o ic o 3º Sa le s O C R O M C ar bo xi la to -C O O – , -C O 2– pr efi jo # á to m os d e ca rb on o- oa to d el m et al O xi ca rb on il (o ) 4º És te re s O C R O R C ar bo xi la to -C O O – , -C O 2– pr efi jo # á to m os d e ca rb on o- oa to d e al qu ilo o ar ilo O xi ca rb on il (o ) 5º H al ur os d e ac ilo O C R X H al ur o de ác id o -C (O )X H al ur o de p re fij o # át om os de c ar bo no -o ilo H al of or m il (o ) 6º A m id as : Si m pl es O C R O C R R O C R N H 2 N R 2 N H A m id o si m pl e -R (C O )- N H 2 pr efi jo # á to m os d e ca rb on o- am id a C ar ba m oi l ( o) M on o- su st itu id as O C R O C R R O C R N H 2 N R 2 N H A m id o m on os us tit ui do -R (C O )- N H - N -n om br e de l r ad ic al pr efi jo # á to m os d e ca rb on o la c ad en a pr in ci pa l- am id a N -n om br e de l ra di ca l- C ar ba m oi l (o ) D i- su st itu id as O C R O C R R O C R N H 2 N R 2 N H A m id o di su st itu id o -R (C O )- N - N -n om br e de l r ad ic al , N -n om br e de l o tr o ra di ca l p re fij o # át om os de c ar bo no la c ad en a pr in ci pa l- am id a N -n om br e de l ra di ca l, N -n om br e de l o tr o ra di ca l ra di ca l p re fij o # át om os d e ca rb on o- ca rb am oi l ( o) a n ex o i Pr in ci pa le s co m pu es to s or gá ni co s po r or de n de p ri or id ad p ar a no m en cl at ur a. (o ) En e sp añ ol lo s no m br es d e lo s gr up os fu nc io na le s de l m is m o m od o qu e lo s ra di ca le s se p ue de n no m br ar c on e l s ufi jo il o il o. e j: ca rb am oi l o c ar ba m oi lo . 17 7º N itr ilo s C R N N itr ilo -C N pr efi jo # á to m os d e ca rb on o in cl ui do e l d el gr up o- ni tr ilo C ia no 8º A ld eh íd os O C R H C ar bo ni lo te rm in al -( C O )- H pr efi jo # á to m os d e ca rb on o in cl ui do e l d el gr up o- al Fo rm il (o ) 9º C et on as O C R R C ar bo ni lo -( C O )- # de l c ar bo no d on de s e po si ci on a el g ru po -p re fij o # át om os d e ca rb on o- on a o ra di ca l, ra di ca l c et on a O xo o c et o 10 º A lc oh ol es : Pr im ar io s Se cu nd ar io s Te rc ia ri os C H R R O H C H 2 R O H C R RR O H C H R R O H C H 2 R O H C R RR O H C H R R O H C H 2 R O H C R RR O H H id ro xi lo -O H pr efi jo # á to m os d e ca rb on o- ol # de l c ar bo no d on de s e po si ci on a el g ru po - pr efi jo # át om os d e ca rb on o- ol H id ro xi 11 º Fe no le s O H H id ro xi lo A r- O H D er iv ad o ar om át ic o- ol H id ro xi 12 º Ti ol es : Pr im ar io s Se cu nd ar io s Te rc ia ri os C H R R S H C H 2 R S H C R RR S H Su lfh id ri lo -S H # de l c ar bo no d on de s e po si ci on a el g ru po -p re fij o # át om os d e ca rb on o de la ca de na p ri nc ip al -t io l M er ca pt o 18 N úm er o de pr io ri da d Ti po d e co m pu es to Fó rm ul a ge ne ra l N om br e de l g ru po fu nc io na l Fó rm ul a ab re vi ad a N om en cl at ur a co m o fu nc ió n pr in ci pa l N om en cl at ur a co m o fu nc ió n se cu nd ar ia 13 º Pr im ar ia s Se cu nd ar ia s Te rc ia ri as N H R RN H 2 R N R R R A m in o 1º A m in o 2º A m in o 3º -N H 2 -N H — –N – Pr efi jo # á to m os d e ca rb on o- am in a N -r ad ic al p re fij o # át om os de c ar bo no d e la c ad en a pr in ci pa l- am in a N -n om br e de l r ad ic al , N -n om br e de l o tr o ra di ca l p re fij o # át om os de c ar bo no d e la c ad en a pr in ci pa l- am in a A m in o -R ad ic al p re fij o # át om os d e ca rb on o de la c ad en a pr in ci pa l- am in o N -n om br e de l ra di ca l, N -n om br ede l o tr o ra di ca l pr efi jo # á to m os de c ar bo no d e la ca de na p ri nc ip al - am in o 14 º Ét er es O R R Ét er -O - R ad ic al , ra di ca l é te r A lc óx i ( pr efi jo # át om os d e ca rb on o- ox i) ar iló xi (d er iv ad o ar om át ic o- ox i) 15 º Ti oé te re s o su lfu ro s S R R Ti oé te r -S - R ad ic al , r ad ic al ti oé te r A lq ui lti o (p re fij o # át om os d e ca rb on o- tio ) ar ilt io (d er iv ad o ar om át ic o- tio ) N H R RN H 2 R N R R R N H R RN H 2 R N R R R A m in as 19 16 º A lq ue no s C C R R R R D ob le e nl ac e # de l c ar bo no d on de se p os ic io na e l d ob le en la ce - pr efi jo # á to m os de c ar bo no d e la c ad en a pr in ci pa l- en o en o o en il 17 º A lq ui no s R C C R Tr ip le e nl ac e # de l c ar bo no d on de se p os ic io na e l t ri pl e en la ce - pr efi jo # á to m os de c ar bo no d e la c ad en a pr in ci pa l- in o in o o in il 18 º H al ur os d e al qu ilo : Pr im ar io s Se cu nd ar io s Te rc ia ri os C H R R X C H 2 R X C R RR X H al ur o. C lo ru ro , yo du ro , br om ur o, flu or ur o. -X H al ur o (c lo ru ro , b ro m ur o, yo du ro o fl uo ru ro ) d el ra di ca l a lq ui lo o a ri lo # de l c ar bo no do nd e se p os ic io na el h al óg en o- pr efi jo # á to m os de c ar bo no d e la ca de na p ri nc ip al - ha lo an o 19 º A ro m át ic os : B en ce no y de riv ad os B en ce no y de riv ad os B en ce no y de riv ad os B en ce no y d er iv ad os Fe ni l y r ad ic al es de riv ad os 20 º A lc an os C R RR C RR R En la ce s en ci llo Pr efi jo # á to m os d e ca rb on o de la c ad en a pr in ci pa l- an o Pr efi jo # á to m os d e ca rb on o- il o ilo 21 º N itr oc om pu es to s R N O 2 N itr o -N O 2 # de l c ar bo no d on de s e po si ci on a gr up o ni tr o- pr efi jo # á to m os d e ca rb on o de la c ad en a pr in ci pa l- an o N itr o AdriAnA LozAno CeCiLiA BACCA ViLmA Pinzón CLAudiA rozo www.utadeo.edu.co Facultad de Ciencias Naturales e Ingeniería Departamento de Ciencias Básicas B I o q u í m I C a estruCturA y funCión de BiomoLéCuLAs B I o q u í m I C a estruCturA y funCión de BiomoLéCuLAs B Io q u ím IC a e s t r u C t u r A y f u n C ió n d e B io m o L e C u L A s B Io q u ím IC a e s t r u C t u r A y f u n C ió n d e B io m o L é C u L A s http://www.utadeo.edu.co Introducción Capítulo I - Grupos funcionales