El principal problema de esta pregunta radica en el propio concepto de alga.
Se conoce como alga a todo organismo eucariota fotosintético que no pertenezca al grupo de las embriofitas (Plantae sensu stricto), si bien en ocasiones también se consideran parte de este grupo a las cianobacterias, que pertenecen al dominio Bacteria y en consecuencia presentan una organización celular procariota.
Debido a esto, el concepto de alga incluye a un grupo polifilético muy heterogéneo de organismos que no presentan una parentesco filogenético particularmente cercano.
En la historia de los organismos eucariotas, según la teoría endosimbiótica de Lynn Margulis se produjeron tres procesos endosimbióticos sucesivos que dieron lugar a los distintos tipos de eucariotas fotosintéticos que existen en la actualidad (tanto plantas como algas).
Árbol filogenético de los seres vivos según Thomas Cavalier Smith
Los primeros organismos eucariotas en adquirir cloroplastos (y por ende anabolismo fotosintético) fueron los ancestros de los arqueoplástidos (Achaeplastidae), que fagocitaron una cianobacteria que terminó estableciendo una relación simbiótica con la propia célula eucariota (tal y como había pasado previamente con la bacteria aerobia que terminó dando lugar a las mitocondrias gracias a las cuales actualmente los eucariotas presentamos mayoritariamente un catabolismo aerobio). Este evento supuso una formidable ventaja evolutiva pues dotó a los arqueoplástidos de la capacidad de sintetizar biomoléculas orgánicas a partir de metabolitos inorgánicos como sulfatos, nitratos o fosfatos gracias al aporte energético de las ondas electromagnéticas solares. Nació así la fotosíntesis en el dominio Eucariota, y partir de este momento nada volvería a ser igual.
Al grupo de los arqueoplástidos pertenecen no solo las plantas embriofitas sino también las algas verdes (Chlorophyta y Charopyhta), las algas rojas (Rodophyta) y el pequeño grupo de las algas glaucofitas (Glaucophyta), tal y como se puede ver en el árbol filogenético.
Todos estos organismos tienen como ancestro común a una célula que adquirió sus cloroplastos por endosimbiosis directa con una cianobacteria, lo que se conoce como endosimbiosis primaria. No obstante este no sería el primer evento endosimbiótico que tendría lugar.
Otro organismo eucariota, predecesor de todos los integrantes del supergrupo SAR (Reino Chromista), adquirió sus cloroplastos por endosimbiosis secundaria con un alga roja. A partir de este organismo evolucionaron todos los integrantes del grupo SAR: diatomeas, dinoflagelados, algas pardas (Phaeophycea) y otros muchos protozoos como los apicomplejos, los paramecios, los radiolarios o los foraminíferos que han terminado perdiendo sus cloroplastos y por tanto su capacidad fotosintética, adoptando nutriciones heterótrofas y modos de vida frecuentemente parásitos.
Bosques del Kelp, impresionantes ecosistemas marinos conformados por algas pardas del orden Laminariales
Otro grupo de algas que adquirieron sus cloroplastos por endosimbiosis secundaria (en este caso con un alga verde) es el de los euglenofitos, taxón perteneciente al primitivo grupo de los excavados (Excavata) considerados los ancestros del resto de grupos de eucariotas.
Euglenas
Y finalmente hay un tercer grupo de algas, muy particular, que obtuvieron sus cloroplastos por endosimbiosis terciaria! Es decir a partir de la endosimbiosis de un organismo fotosintético que obtuvo a su vez los cloroplastos a partir de la endosimbiosis con un organismos fotosintético (endosimbiosis secundaria) que a su vez obtuvo sus cloroplastos a partir de la endosimbiosis con una cianobacteria (endosimbiosis primaria). Este caso excepcional es característico de ciertos grupos de dinoflagelados que evolutivamente terminaron perdiendo sus cloroplastos secundarios, adquiriendo nuevos cloroplastos tras establecer relaciones endosimbióticas con otros grupos de cromistas como diatomeas, haptofitas o criptofitas.
3. Endosimbiosis primaria (Arqueoplastida)
4. Endosimbiosis secundaria (Chromista y Euglenophyceae)
5. Endosimbiosis terciaria (ciertos grupos de Dinoflagellata)
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