Presentación del antígeno

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El tamaño de los péptidos que pueden unirse a las moléculas de clase I o clase II es distinto debido a la diferencia en la estructura de su sitio de unión. Además, existe otra diferencia, los que se unen a las moléculas de clase I provienen de proteínas sintetizadas por la propia célula que está presentando esos péptidos (Aunque sean de origen vírico) y se trata casi siempre de proteínas citosólicas. Por otro lado, las que se unen a las de clase II suelen tener su origen en proteínas exógenas. Muy frecuentemente estos péptidos provienen de proteínas (por ejemplo, bacterianas) que han sido internalizadas por la célula mediante endocitosis.
La última fase de la fagocitosis conduce a la presentación antigénica e implica la participación coordinada de diversas moléculas, entre éstas el MHC II, la cadena invariante (I) y la proteína DM.
Las moléculas de MHC II se ensamblan dentro del retículo endoplásmico (RE), seguido de una maduración funcional en compartimientos endosomales ricos en péptidos antigénicos. Dentro del RE, las subunidades a y B del MHC-II se asocian en un proceso mediado por una chaperona conocida como cadena I, también denominada CD74. 
Esta asociación es sumamente importante, ya que en ausencia de la cadena I, los complejos de MHC-II aB son inestables, por lo que se agregan y son retenidos en el RE, lo que genera el fracaso para alcanzar la superficie celular. Sólo las cadenas a y B unidas a la cadena I pueden ser exportadas en vesículas del RE hacia el endosoma.
Las cadenas MHC II a y B se asocian con la cadena invariante I y forman trímeros. 
Estos complejos se exportan a endosomas maduros, vía la red de TG o mediante el reciclaje de la superficie celular. 
Dentro de los endosomas, la cadena I es secuencialmente degradada hasta llegar a la cadena residual del fragmento CLIP.
El desplazamiento del CLIP de la ranura por el ligando de MHC II aB es mediado por el DM y por el DO. La expresión de DO y la regulación de la función de DM implican formación de complejos DM-DO en el RE y el transporte a compartimientos endocíticos. 
Los antígenos que son exportados a endosomas tardíos por fagocitosis, pinocitosis, endocitosis y autofagia son procesados por catepsinas y GILT. 
La adquisición de los péptidos de alta afinidad por MHC II es facilitada por DM. 
Después, los complejos péptido-MHC II son transportados a la superficie celular de las CPAs para el reconocimiento por las células T CD4.
Ruta de presentación de péptidos por MHC de clase I.
Ruta de presentación de péptidos por MHC de clase II.
Otros tipos de endocitosis
Macropinocitosis: no depende de receptores, sin embargo permite la captura de antígenos de gran tamaño y material extracelular en vesículas llamadas pinosomas.
Autofagia: entre el 10 y 30% de los péptidos unidos a MHC II derivan de las proteínas citoplasmáticas y nucleares. En la macro autofagia, el material nuclear y citoplasmático son ingeridos por las membranas para formar los auto fagosomas.