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Cátedra de Química Biológica – Facultad de Ciencias Naturales-UNSa 1 Nombre y apellido: MODELO RESUELTO-2021 DNI: Fecha: RESPUESTAS a la Guía de estudio 6: Metabolismo de aminoácidos y proteínas Conteste a cada pregunta de la guía de estudio 5 en el recuadro correspondiente. En el Use el espacio que sea necesario para cada respuesta, luego guarde el archivo con su APELLIDO Y NOMBRE seguido de Respuestas Guía 6, y súbalo en el sitio de entrega de tareas de la guía 6 en el aula Moodle. 1 Observe la siguiente estructura general de los aminoácidos. Rotule e indique las características distintivas de los aminoácidos. Características distintivas de los aminoácidos: Los aminoácidos son moléculas cargadas, y a pH fisiológico (pH entre 6,8 a 7,4) están ionizados, son anfóteros, son zwitteriones, o iones dipolares, aunque su carga neta puede ser cero. Según el aminoácido y el pH, el comportamiento del aminoácido cuando se ioniza, puede funcionar como ácido o base. Ópticas: el átomo de carbono alfa es quiral, o asimétrico, porque tiene cuatro grupos diferentes unidos a él. La excepción es la glicina, cuyo grupo R sólo es un átomo de hidrógeno (la molécula no es quiral, porque el átomo de carbono a está unida a dos átomos idénticos de hidrógeno). Los aminoácidos logran desviar el plano de polarización, en el cual interviene un rayo de luz que atraviesa la luz polarizada. Los aminoácidos que conforman las proteínas son levógiros. Se nombran de acuerdo al nombre del grupo R, que es distinto para cada uno de ellos, y determina sus propiedades químicas y biológicas. Las cadenas laterales pertenecen a las siguientes clases químicas: alifática, aromática, sulfurada, alcohol, base, ácido y amida. De acuerdo al grupo R algunos son muy hidrofóbicos, y otros son muy hidrofílicos. Son sólidos, en general solubles en agua, cristalizables, incoloros o poco coloreados y con un punto de fusión alto, por encima de los 200 °C. 2 Las proteínas son polímeros de aminoácidos que se forman por la unión que se establece entre los α- aminoácidos llamada unión peptídica. Explica qué tipo de unión es, como se forma y que características presenta. La unión peptídica es una unión del tipo covalente, se forma por reacción del grupo carboxilo de un aminoácido que reacciona con el grupo amino de otro aminoácido en una reacción de condensación con pérdida de agua, y es catalizado por la enzima peptidiltransferasa. Los dos átomos que intervienen en el enlace peptídico, junto con sus cuatro sustituyentes (el átomo de oxígeno carbonílico, el átomo de hidrógeno de amida y los dos átomos adyacentes de carbono) constituyen el grupo peptídico. Una de las características del enlace peptídico es que puede hacer híbridos de resonancia. La deslocalización electrónica y el carácter parcial de doble enlace de la unión peptídica evitan que haya rotación libre en torno al enlace C—N. El resultado es que los átomos del grupo peptídico están en el mismo plano, y como consecuencia la unión peptídica es rígida y plana; no existe libertad de rotación alrededor de este enlace por que posee carácter parcial de doble enlace (amida). Las restricciones a la rotación libre determinan en último término la conformación tridimensional de una proteína. Otra característica importante es que el grupo peptídico es polar, el oxígeno carbonílico presenta una carga Cátedra de Química Biológica – Facultad de Ciencias Naturales-UNSa 2 negativa parcial y puede servir como aceptor de hidrógeno en puentes de hidrógeno; el nitrógeno cuenta con una carga positiva parcial y el grupo —NH puede servir como donador de hidrógeno en puentes de hidrógeno. La mayor parte de las cargas iónicas asociadas a una molécula de proteína se deben a las cadenas laterales de los aminoácidos componentes. Ello significa que la solubilidad y las propiedades iónicas de una proteína están determinadas en gran parte por su composición de aminoácidos. Además, las cadenas laterales de los residuos interaccionan y esas interacciones contribuyen a determinar la forma tridimensional y la estabilidad de una molécula de proteína 3 ¿Que representa el N-terminal y el C-terminal? Representa los dos extremos de una cadena peptídica. Las proteínas tienen dirección, por convención: el N- terminal indica el inicio del polipéptido y el C-terminal indica el final de la cadena, se lo representa desde izquierda (N-terminal) a derecha (C-terminal) respectivamente. Esta convención corresponde a la dirección en la síntesis de proteína. 4 Los aminoácidos presentan Nitrógeno en su estructura. Investigue que tipo de organismos (haga un listado de las especies) fijan el nitrógeno atmosférico. El N2 atmosférico, que forma el 80% de la atmósfera, es la fuente original del nitrógeno biológico. Esta molécula puede ser metabolizada, o fijada, sólo por unas cuantas especies de bacterias que tienen la enzima NITROGENASA para catalizar esta reacción. Fijación del nitrógeno es el proceso por el cual el nitrógeno molecular inorgánico de la atmósfera (N2) se incorpora primero al NH3 y después a compuestos orgánicos útiles para los organismos. El nitrato: NO3- es otra forma de nitrógeno inorgánico presente en el suelo y en el agua que puede ser fuente de nitrógeno para la vida. Pero ya sea N2 o NO3-, primero deben ser reducidos (fijados) a amoniaco para ser usados en el metabolismo. El amoniaco producido se incorpora en los aminoácidos a través de glutamato, glutamina y carbamoíl fosfato. Principales especies de bacterias fijadoras: BACTERIAS SIMBIONTES: Rhizobium, Bradyrhizobium, que viven en simbiosis en los nódulos de raíces de muchas plantas. BACTERIAS DE VIDA LIBRE EN EL SUELO: Agrobacterium, Azotobacter, Klebsiella y Clostridium, BACTERIAS DE VIDA LIBRE EN EL OCÉANO: las cianobacterias, principalmente Trichodesmium spp. La mayor parte de las plantas requieren una fuente de nitrógeno reducido presente en el suelo proveniente de tejidos animales y vegetales descompuestos, compuestos nitrogenados excretados por bacterias y fertilizantes. Los animales obtienen nitrógeno fijado al ingerir materia vegetal o animal. 5 Indique que gasto en ATP se requiere para fijar (reducir): N2 + 8 H+ + 8 e- → 2 NH3+ + H2 Se requiere la hidrólisis de 16 moléculas de ATP para transferir 8 electrones desde la dinitrogenasa reductasa a la dinitrogenasa para facilitar la reducción de un N2 a dos moléculas de NH3 y dos iones hidrógeno a una molécula de H2. N2 + 8 H+ + 8 e- + 16 ATP → 2 NH3 + H2 + 16 ADP + 16 Pi 6 Todos los fijadores de nitrógeno tienen el complejo nitrogenasa, describa como está formado este complejo enzimático, y que iones metálicos contiene. La nitrogenasa es un complejo enzimático formado por dos proteínas diferentes, con un sistema de transporte de electrones complicado. Los dos componentes son todos metaloproteínas: se los llama dinitrogenasa y dinitrogenasa reductasa. Dinitrogenasa (240 kD): tiene hierro proteína [Fe-S] y hierro-molibdeno proteína [Fe-Mo], es un heterotetrámero, tiene dos centros de óxido-reducción, uno con hierro en un grupo [Fe–S] y el otro Cátedra de Química Biológica – Facultad de Ciencias Naturales-UNSa 3 contiene hierro como molibdeno [Fe-Mo]. En total contiene dos átomos de molibdeno y 30 átomos de hierro. Dinitrogenasa reductasa (60 kD): tiene hierro proteína [Fe–S], es un dímero de subunidades idénticas. 7 Nombre sobre qué sustrato se asimila el NH3+, qué enzima y coenzima interviene, y qué aminoácido/s se forma/n. El sustrato sobre el que se asimila el amonio es el alfa-cetoglutarato o el glutamato. La enzima que interviene es la glutamato deshidrogenasa (GH) que es una oxidoreductasa. Coenzima: NADH2 o NADPH Se forma glutamato El glutamato en presencia de la enzima glutamina sintasa y de ATP se forma el aminoácido glutamina. Glutamina es un aminoácido central ya que es una reserva de amonio. 8 Defina aminoácidos esencialesy no esenciales. ¿Para qué organismos se aplica la distinción entre aminoácidos esenciales y no esenciales, y para cuáles organismos no se aplica? Fundamente. Aminoácidos esenciales: Son aquellos que los heterótrofos no pueden sintetizar por carecer de las enzimas necesarias y deben consumirlos con el alimento. Los aminoácidos no esenciales son aquellos que sí pueden sintetizar. Se aplica para los heterótrofos. Los autótrofos pueden sintetizar todos sus aminoácidos. 9 Los aminoácidos además de tener el grupo amino tienen un esqueleto carbonado. Realiza un cuadro indicando de qué vías metabólicas provienen, lugar de célula donde ocurre, precursores y aminoácidos que se forman. Vía metabólica Lugar de la célula Precursor Aminoácidos GLUCOLISIS Citoplasma 3-fosfoglicerato Serina Cisteina glicina piruvato Alanina Valina leucina CICLO DE KREBS Matriz mitocondrial (eucariotas) Citoplasma (procariotas) oxaloactetato Aspartato Asparagina Lisina Metionina Cisteina Treonina Isoleucina α-cetoglutarato Glutamato Cátedra de Química Biológica – Facultad de Ciencias Naturales-UNSa 4 Arginina Glutamina Prolina VIAS DE LAS PENTOSA Ribosa 5- fosfato + glutamato histidina Eritrosa 4 fosfato + fosfoenolpiruvato Fenilalanina Triptófano Tirosina 10 Reacciones de asimilación del grupo amonio: observe la imagen y responde: a) ¿Cuáles son los dos productos de asimilación de amonio en las plantas? Glutamato y glutamina b) ¿Cuál es el sustrato no aminoacídico aceptor de amonio? ¿De qué vía metabólica proviene? α-cetoglutarato, proviene del ciclo de Krebs c) ¿Cuál es el primer aminoácido que se forma? glutamato d) ¿Por qué la formación de la Glutamina es central en el metabolismo de las proteínas? Porque es una reserva de iones amonio 11 Investigue sobre la biosíntesis de aminoácidos y responda: a) ¿Cómo se denomina el proceso por el cual se generan un aminoácido a partir de otro? Transaminación b) ¿Qué enzima y coenzima se requiere. Las enzimas que intervienen son las transaminasas. Cátedra de Química Biológica – Facultad de Ciencias Naturales-UNSa 5 La coenzima necesaria es el Piridoxal-P. c) ¿Qué aminoácido es el principal donante de grupo amino? glutamato d) ¿En qué lugar o lugares de la célula ocurre este proceso? Citoplasma y Mitocondria e) Indique cuales son los α-cetoácidos precursores de los aminoácidos alanina, aspartato y glutamato. Alanina: PIRUVATO Aspartato: OXALOACETATO Glutamato: α-CETOGLUTARATO 12 Defina la unidad de medida “Dalton”. En promedio un aminoácido pesa 110 Daltons. ¿Cuántos aminoácidos aproximadamente hay en una proteína de 11000 Daltons (= 11 kDa)? Dalton: unidad de masa igual a una unidad de masa atómica 110 Daltons---------1 aminoácido 11000 Daltons------x= 100 aminoácidos Rta: En una proteína de 11 kDa hay aproximadamente 100 aminoácidos 13 a)- Proteína Conformación estructural (número de subunidades y si son idénticas o no En inglés: Global stoichiometry Y protein chains Masa molecular en kD En inglés: total Structure weight Número de residuo de aminoácidos. En inglés: residue count Función Nivel estructural Si tiene o no nivel 4° Hemoglobina (hemoglobin) 3WTG Hetero 4-mer-α2-β2 66,40 Transporta el oxígeno en la sangre tetramerica Mioglobina (myoglobin) 3V2Z Monómero α1 17,87 Suministra oxígeno a tejidos musculares de aves, reptiles y mamíferos monomerica Hexoquinasa (hexokinase) 1BDG Monómero α1 207,17 Cataliza la primera reacción de la glucolisis monomerica b)- Indique: ¿Cuál de esta/s proteína/s tiene/n grupos prostéticos? Defina grupo prostético. Cátedra de Química Biológica – Facultad de Ciencias Naturales-UNSa 6 La hemoglobina y mioglobina tienen el grupo prostético hemo. Grupo prostético: son coenzimas que están estrechamente unidas a una enzima. A diferencia del sustrato permanece unido a un sitio especifico de la enzima a través del ciclo catalítico de la enzima. 14 El catabolismo de las proteínas comienzan con la proteólisis. Una vez hidrolizadas las proteínas los aminoácidos libres son catabolizados. Indique y explique brevemente los pasos que permiten el catabolismo de los aminoácidos. En la célula hay dos maneras de iniciar la proteólisis: 1. En el proteosoma o Sistema ubiquitina-proteosoma (citoplasma) es muy específico: la proteína objetivo se marca con un pequeño péptido con gasto de energía. Luego es reconocida por un complejo multienzimático cilíndrico PROTEOSOMA que la desdobla y la hidroliza a la proteína ubiquitinda, eliminando reciduos de pocos aa y que luego pueden ser reutilizados. 2. En lisosomas donde la proteínas se hidrolizan por la acción de las enzimas hidrolíticas de los lisosomas. Pasos del catabolismo de los aminoácidos: se produce la 1)transaminación para formar glutamato luego por 2)desaminación del glutamato se forma α-cetoglutamato + el grupo amonio. 3)Este último tiene distintos destinos según si son organismos amoniotélicos, uritélicos o ureotélicos. En mamíferos ocurre el ciclo de la urea. En animales también el amonio libre forma glutamina: esto se llama detoxificación por síntesis de glutamina. 15 Una vez que ocurre la desaminación oxidativa el ión amonio tiene distintos destinos de acuerdo a los organismos según el tipo de excreción; reconociendo los organismos amoniotélicos, uricotélicos y los ureotélicos. La mayoría de los vertebrados terrestres convierten el amoniaco de desecho en urea, producto menos tóxico, compuesto sin carga y muy soluble en agua, producido en el hígado y arrastrado por la sangre hasta los riñones donde es excretado como principal soluto en la orina. La urea fue descrita por primera vez alrededor de 1720, como la sal esencial de la orina. El nombre “urea” se deriva de “orina”. Observe la siguiente imagen y responde: Cátedra de Química Biológica – Facultad de Ciencias Naturales-UNSa 7 a) ¿Cómo se denomina el ciclo? Ciclo de la urea b) Indique las etapas previas que ocurren antes de la formación de la urea. Transaminación: por transaminación se forma glutamato Desaminación oxidativa: el glutamato + H2O forma α-cetoglutarato + NH4+ Formación de Carbamoil-P: el amonio + HCO3- , con gasto de 2 ATP forma carbamoil fosfato que al unirse a la ornitina forma citrulina c) ¿De dónde provienen los 2 átomos de Nitrógeno y el átomo de carbono de la urea? Los dos átomos de carbono uno proviene del glutamato y el otro de aspartato y el carbono del ácido carbónico d) ¿Cuál es balance energético durante la biosíntesis de urea? 4 ATP >FIN<
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