Simplificando mucho los términos, funciona así. Supongamos que tenemos dos trozos: CCTTGCCAAA y TGTGTGAACC. Y sabes que tienen que estar juntos pero no en qué orden. Entonces tienes que decidir si la unión correcta es: CCTTGCCAAATGTGTGAACC o TGTGTGAACCCCTTGCCAAA. Si tienes un fragmento que se superpone que se lee: GAACCCCTTG. Entonces encaja con la segunda posibilidad: TGTGTGAACCCCTTGCCAAA. Pero no con la primera. En la práctica, tienes un montón de estos fragmentos y una variedad de información sobre posibles modos de reordenarlos. Y los fragmentos son mucho más largos, que ayuda más que entorpecer, porque las superposiciones pueden ser largas y por lo tanto menos ambiguas.