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Cátedra de Química Biológica – Facultad de Ciencias Naturales-UNSa Nombre y apellido: MODELO RESUELTO DNI: Fecha: RESPUESTAS a la Guía de estudio 2: Biocatalizadores Conteste a cada pregunta de la guía de estudio 2 en el recuadro correspondiente. En el caso de los gráficos, puede hacerlos usando el programa Excel o a mano en hoja milimetrada (aproxime correctamente los decimales). Y recuerde que los valores de Km y Vmax deben ser despejados de las gráficas de los dobles recíprocos. Use el espacio que sea necesario para cada respuesta, luego guarde el archivo con su APELLIDO Y NOMBRE seguido de Respuestas Guía 2, y súbalo en el sitio de entrega de tareas de la guía 2 en el aula Moodle. 1 Definir y distinguir entre los siguientes términos: a. Catalizador y biocatalizador Catalizador: Sustancia que aumenta la velocidad de una reacción química. No se consumen en la reacción. Biocatalizador: Es un catalizador de las reacciones químicas que ocurren en los sistemas vivos, estos pueden ser enzimas y ribozimas. b. Enzima y sustrato Enzima: Proteína con propiedades catalíticas, elaboradas por las células, susceptibles de ser reguladas y que presentan alta especificidad por las reacciones que catalizan. Sustrato: Es una molécula sobre la cual actúa una enzima en una reacción química. c. Cinética enzimática y parámetros enzimáticos Cinética enzimática Es el estudio de la velocidad y los mecanismos catalíticos de una enzima sobre una reacción química. Parámetros enzimáticos: Son características o datos que permiten describir y explicar la actividad de una enzima. Por ejemplo, Km y Vmax. d. Cofactor enzimático e inhibidor enzimático Cofactor enzimático: Componente no proteico de una enzima (iones esenciales o coenzimas) que se requiere para la catálisis. Inhibidor enzimático: Molécula que reduce o anulan la actividad enzimática. 2 Energía libre estándar y energía de activación: a. Indique qué modifica la actividad enzimática en una reacción: i) el cambio de energía libre estándar (ΔG°) de la reacción, ii) la energía de activación (ΔG°‡), iii) o ambas. Las enzimas actúan disminuyendo la energía de activación de la reacción y favorecen así la transformación de los sustratos a productos. b. Explique la diferencia que hay entre ΔG° de una reacción y ΔG°‡, realice un diagrama de perfil de energía (energía libre vs. progreso de la reacción). • ΔG° es la variación de la energía libre de un sistema desde un estado inicial a un estado final. Indica la espontaneidad de una reacción química (a presión y temperatura constante). • ΔG°‡ es la energía mínima necesaria para que se produzca una reacción química. Umbral energético que se requiere para que se produzca una reacción química. Cátedra de Química Biológica – Facultad de Ciencias Naturales-UNSa -Diagrama de perfil de energía- 3 Completar la tabla sobre la nomenclatura de las siguientes enzimas. Puede utilizar el siguiente portal para realizar la búsqueda https://www.enzyme-database.org/ Nombre trivial Código numérico (EC) Nombre sistemático (Tipo de reacción catalizada) Sustratos Productos Fumarato Hidratasa 4.2.1.2 (S)-malato hidro- liasa (Liasa) (S)-malato fumarato + H2O Glucógeno fosforilasa 2.4.1.1 (1→4)-α-D- glucano:fosfato α- D- glucosiltransferasa (Transferasa) [(1→4)-α-D- glucosil]n+fosfato [(1→4)-α-D- glucosil]n- 1+α-D- glucosa 1- fosfato Glucosa-6-fosfato isomerasa 5.3.1.9 D-glucosa-6- phosphato aldosa- ketosa-isomerasa (Isomerasa) D-glucosa 6-fosfato D-fructosa 6- fosfato Glutamina sintetasa (Glutamine synthetase) 6.3.1.2 L- glutamato:amonio ligase (Ligasa) ATP+L- glutamato+NH3 ADP + fosfato + L- glutamina Alcohol deshidrogenasa 1.1.1.1 alcohol:NAD+ oxidoreductasa (Oxidoreductasa) 1 alcohol primario + NAD+ 1 aldehido + NADH+H+ Alanina transaminasa (Alanine transaminase) 2.6.1.2 L-alanine:2- oxoglutarato aminotransferasa (Transferasa) L-alanina+2- oxoglutarato piruvato + L- glutamato Acetil-CoA carboxilasa 6.4.1.2 acetil-CoA: hidrogeno carbonato ligase (Ligasa) ATP + acetil-CoA + hidrogenocarbonato ADP + fosfato + malonil-CoA Cátedra de Química Biológica – Facultad de Ciencias Naturales-UNSa 4 Considerando la siguiente cadena de reacciones en la que la Enzima 1 (Enz1) cataliza el paso desde el sustrato A hacia B, la Enz2 catalizar el paso de B a C y la Enz3 cataliza el paso del sustrato C hacia el producto D: a. Explique que debería ocurrir para que haya un efecto alostérico negativo y sobre que enzima ocurriría. Para que haya un efecto alostérico negativo la enzima que cataliza la primera reacción de la serie (Enz1), debería ser inhibida por el producto final D (o C). De esta forma esta ruta controla la velocidad de su propia síntesis, por inhibición de alguno de los primeros pasos, y en general el primer paso. b. ¿Por qué no sería conveniente que el efecto alostérico se realice sobre la Enz3? No sería conveniente ya que los intermediarios metabólicos se acumularían y se podría gastar energía en forma innecesaria. 5 La fosfofructoquinasa-1 de la bacteria Escherichia coli es un buen ejemplo de inhibición y activación alostérica. a. ¿Por qué el ADP actúa como un activador alostérico de la fosfofructoquinasa-1? El ADP es un activador alostérico de la fosfofructocinasa-1 ya que, si las concentraciones de ADP aumentan, esto implica que hay deficiencia de ATP y debe estimularse la glucólisis. b. Identifique cual es el inhibidor alostérico de la fosfofructoqinasa-1 y por qué ocurre el incremento del mismo. El fosfoenolpiruvato es un inhibidor alostérico de la fosfofructocinasa-1 y es un compuesto intermedio, cercano al final de la ruta glucolítica. Cuando la concentración de fosfoenolpiruvato aumenta, la producción es evitada al inhibir la fosfofructocinasa-1. c. Diferencie sitio activo, de sitio alostérico (o sitio regulador). Sitio activo: zona de la enzima en la que se une el sustrato para ser catalizado. Sitio alostérico: es un segundo sitio de unión para el ligado. Es el sitio donde se une un inhibidor o activador y causa cambios en la conformación de la enzima. d. En esta enzima ¿dónde se unen el activador y el inhibidor alostérico? El activador (ADP) y el inhibidor (fosfoenolpiruvato) se unen al mismo sitio regulador. e. Realice un esquema mostrando la unión a la enzima de los sustratos y el activador alostérico. f. Existen dos estados en los que se pueden encontrar las enzimas alostéricas: la conformación T y la conformación R. Explique en qué consisten y cuando la fosfofructoquinasa-1 se encuentra en una u otra conformación. Una enzima presenta una conformación T cuando está unida a un inhibidor alostérico, en este estado la misma presenta una baja actividad catalítica, debido a que la enzima presenta poca afinidad hacia el sustrato, y por lo tanto la velocidad de reacción es baja. En la conformación R la Cátedra de Química Biológica – Facultad de Ciencias Naturales-UNSa enzima, unida a un activador alostérico, presenta mayor afinidad hacia el sustrato, lo que se traduce en una mayor actividad catalítica que da lugar a un aumento en la velocidad de reacción. Cuando el ADP se une al sitio regulador, la fosfofructocinasa-1 asume la conformación R y si se une el fosfoenolpiruvato asume una conformación T, con menor afinidad hacia el 6-fosfato de fructosa. 6 a. Graficar V en función de [S]. -Gráfico de V en función de [S]- b. Graficar 1/V en función de 1/[S] y calcular Km para el sustrato y Vmax de la reacción. -Gráfico de 1/V en función de 1/[S]- Fumarato (mM) 1/[S] Vi (mM/min) 1/[Vi] 2,0 0,50 2,5 0,40 3,3 0,30 3,1 0,32 5,0 0,20 3,6 0,28 10,0 0,10 4,2 0,24 100,00 - 4,96 - 0,00 0,50 1,00 1,50 2,00 2,50 3,00 3,50 4,00 4,50 0,00 2,00 4,00 6,00 8,00 10,00 12,00 V [S] y = 0,4062x + 0,1976 R²= 0,9996 -0,10 -0,05 0,00 0,05 0,10 0,15 0,20 0,25 0,30 0,35 0,40 0,45 -0,80 -0,60 -0,40 -0,20 0,00 0,20 0,40 0,60 1 /V 1/[S] 1/[S] vs 1/V Cátedra de Química Biológica – Facultad de Ciencias Naturales-UNSa Recordar la ecuación Lineweaver- Burk Y tomando la fórmula de la recta y = 0,4062x + 0,1976 Km= 2,06 mM Vmax= 5,06 mM min-1 Recuerde que puede obtener los valores de Km y Vmax a partir de gráficas realizadas en papel milimetrado. El lugar donde corta la recta en el eje de las X corresponde a -1/Km y el lugar donde corta la recta en el eje de las Y corresponde a 1/Vmax. Puede ver un ejemplo en la segunda parte siguiente video: https://youtu.be/OScRvVJPSfw c. Calcule la Vi considerando la [S]=100mM y verifique si se alcanza la Vmáx. ¿Por qué ocurre esto? A una concentración de S de 100mM la V0 sigue sin alcanzar la Vmax ya que la hipérbola se acerca asintóticamente a Vmax a medida que aumenta la concentración de sustrato. Es por ello que no se usa la ecuación de Michaelis-Menten para calcular la Vmax sino que se usa la ecuación de dobles recíprocos de Lineweaver-Burk. 7 Inhibición enzimática: a. ¿Cómo puede distinguirse entre la inhibición competitiva de la no competitiva en términos de Km? Ante la presencia de un inhibidor competitivo el Km va a aumentar, ya que se necesita mayor concentración de sustrato para alcanzar una misma V0. Esto se debe a que, parte de las enzimas van a estar unidas al inhibidor y no con el sustrato por lo cual se observa como si hubiera disminuido la afinidad de la enzima por el sustrato. Mientras que, en un inhibidor no competitivo el Km no cambia ya que el sustrato reacciona con la enzima de la misma forma que en ausencia de inhibidor (no tienen el mismo sitio activo). b. ¿Por qué un inhibidor competitivo no cambia la Vmáx? En esta situación el sustrato y el inhibidor compiten por el sitio activo, y por lo tanto es necesario más sustrato para que el inhibidor puede ser desplazado y llegar a la misma Vmax. c. ¿Por qué un inhibidor no competitivo cambia la Vmáx? En este caso el inhibidor se une a la enzima en un sitio diferente al que lo hace el sustrato, la formación del complejo (ES) no es afectada, pero si su descomposición. La cantidad de complejo ES con capacidad de liberar producto se reduce y el resultado es similar al que se obtendría con una menor concentración de enzima en el medio, o sea menor Vmax. 1 𝑉𝑚𝑎𝑥 = 𝑏 𝑉𝑚𝑎𝑥 = 1 𝑏 𝑉𝑚𝑎𝑥 = 1 0,1976 𝑽𝒎𝒂𝒙 = 𝟓, 𝟎𝟔 𝒎𝑴 𝒎𝒊𝒏 𝐾𝑚 𝑉𝑚𝑎𝑥 = 𝑎 𝐾𝑚 = 𝑎 ∗ 𝑉𝑚𝑎𝑥 𝐾𝑚 = 0,4062 ∗ 5,06 𝑲𝒎 = 𝟐, 𝟎𝟔 𝒎𝑴 https://youtu.be/OScRvVJPSfw Cátedra de Química Biológica – Facultad de Ciencias Naturales-UNSa 8 a. ¿De qué tipo de inhibición se trata? Explique en que consiste y cuál es el comportamiento de los parámetros enzimáticos. Se trata de una inhibición acompetitiva. Los inhibidores solo se unen al complejo enzima sustrato ES y no a la Enzima libre. Vmax → disminuye Km → disminuye b. Si la recta de color negro corresponde a la actividad enzimática sin inhibición (Control), que representan las otras dos rectas. Las demás rectas representan la presencia de inhibidor en dos concentraciones distintas. 9 Hipurato de p-nitrofenilo (mM) 1/[S] Vi (mmol L-1 min. –1) Sin inhibidor 1/Vi Vi (mmol L-1 min. –1) Con inhibidor 1/Vi 0,040 25,000 0,069 14,493 0,0417 23,981 0,066 15,152 0,095 10,526 0,0570 17,544 0,099 10,101 0,118 8,475 0,0771 12,970 0,285 3,509 0,166 6,024 0,1250 8,000 0,400 2,500 0,181 5,525 0,1430 6,993 a. Graficar en el mismo eje de coordenadas, V en función de [S] y 1/V en función de 1/[S], con y sin inhibidor. -Gráfico V en función de [S]- 0,00 0,02 0,04 0,06 0,08 0,10 0,12 0,14 0,16 0,18 0,20 0,00 0,05 0,10 0,15 0,20 0,25 0,30 0,35 0,40 0,45 V [S] Sin inhibidor Con inhibidor Cátedra de Química Biológica – Facultad de Ciencias Naturales-UNSa -Grafico 1/V en función de 1/[S]- (Este gráfico se obtiene usando 7 decimales) b. Calcular Km para el sustrato para las reacciones con y sin Inhibidor. Km Sin inhibidor= 0,0732 mM Km Con inhibidor= 0,1546 mM c. Calcular Vmáx de la reacción. Vmax= 0,1987 mmol L-1 min. –1 d. ¿De qué tipo de inhibición se trata? Explique por qué. Se trata de una inhibición competitiva, ya que se observa que los valores de Km en presencia del inhibidor son mayores que en ausencia de este. Además, Vmax es la misma.
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