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Cátedra de Química Biológica – Facultad de Ciencias Naturales - UNSa GUÍA DE ESTUDIO 6 METABOLISMO DE AMINOÁCIDOS Y PROTEÍNAS OBJETIVOS − Comprender como incorporan nitrógeno los organismos vivos. − Estudiar la función que tiene los alfa cetoácidos y la transaminación en el metabolismo de los aminoácidos. − Relacionar a los aminoácidos como precursores de otros compuestos nitrogenados INTRODUCCIÓN Para realizar esta guía, vea las clases en el aula Moodle y consulte en los libros de Bioquímica (se recomienda el Mckee & Mckee, 2003. Bioquímica, capítulos 5 (128), 14 (468) y 17 (558) y Horton et al. 2008, (cap. 3: Loa aminoácidos y las proteínas, pag. 90) (cap. 17: Metabolismo de aminoácidos, pag. 558) (cap. 18: Metabolismo de nucleótidos, pag. 595) ambos disponibles en versión digital en el aula Moodle). Los aminoácidos, son muy variables y versátiles y existen en múltiples formas y tamaños. Forman polímeros llamados proteínas. Los monómeros que forman todas las proteínas son 20 tipos de aminoácidos. Las distintas cadenas laterales de los aminoácidos que conforman a una proteína tienen propiedades químicas distintas que hacen a su función. La estructura tridimensional de una proteína refleja la secuencia de aminoácidos, que tiene combinaciones únicas para cada cadena, esa información esta codificada en los genes. Cada proteína de acuerdo a los aminoácidos que la componen y su secuencia, se pliega en una conformación particular y correcta para cumplir con su función específica. El resultado conformacional óptimo dado por las interacciones establecidas en cada uno de sus niveles estructurales es lo que se denomina “conformación nativa”. Los aminoácidos además son precursores de las bases nitrogenadas que conforman los nucleótidos. Estos compuestos nitrogenados son indispensables componentes de la célula por ser las estructuras que codifican la información genética y además tienen otras múltiples funciones metabólicas como ser los precursores de las coenzimas, y ser la molécula de transducción energética principal de las células (recuerden que el ATP ¡es un nucleótido!). ACTIVIDADES Fijación de nitrógeno, aminoácidos y proteínas 1. Observe la siguiente estructura general de los aminoácidos. Rotule e indique las características distintivas de los aminoácidos. Cátedra de Química Biológica – Facultad de Ciencias Naturales - UNSa 2. Las proteínas son polímeros de aminoácidos que se forman por la unión que se establece entre los α-aminoácidos llamada unión peptídica. Explica qué tipo de unión es, como se forma y que características presenta. 3. ¿Que representa el N-terminal y el C-terminal? 4. Los aminoácidos presentan Nitrógeno en su estructura. Investigue que tipo de organismos (haga un listado de las especies) fijan el nitrógeno atmosférico. 5. Indique que gasto en ATP se requiere para fijar (reducir): N2 + 8 H+ + 8 e- → 2 NH3+ + H2 6. Todos los fijadores de nitrógeno tienen el complejo nitrogenasa, describa como está formado este complejo enzimático, y que iones metálicos contiene. 7. Nombre sobre qué sustrato se asimila el NH3+, qué enzima y coenzima interviene, y qué aminoácido/s se forma/n. 8. Defina aminoácidos esenciales y no esenciales. ¿Para qué organismos se aplica la distinción entre aminoácidos esenciales y no esenciales, y para cuáles organismos no se aplica? Fundamente. 9. Los aminoácidos además de tener el grupo amino tienen un esqueleto carbonado. Realiza un cuadro indicando de qué vías metabólicas provienen, lugar de célula donde ocurre, precursores y aminoácidos que se forman. Vía metabólica Lugar de la célula Precursor Aminoácidos 10. Reacciones de asimilación del grupo amonio: observe la imagen y responde: a) ¿Cuáles son los dos productos de asimilación de amonio en las plantas? b) ¿Cuál es el sustrato no aminoacídico aceptor de amonio? ¿De qué vía metabólica proviene? c) ¿Cuál es el primer aminoácido que se forma? Cátedra de Química Biológica – Facultad de Ciencias Naturales - UNSa d) ¿Por qué la formación de la Glutamina es central en el metabolismo de las proteínas? 11. Investigue sobre la biosíntesis de aminoácidos y responda: a) ¿Cómo se denomina el proceso por el cual se generan un aminoácido a partir de otro? b) ¿Qué enzima y coenzima se requiere. c) ¿Qué aminoácido es el principal donante de grupo amino? d) ¿En qué lugar o lugares de la célula ocurre este proceso? e) Indique cuales son los α-cetoácidos precursores de los aminoácidos alanina, aspartato y glutamato. 12. Defina la unidad de medida “Dalton”. En promedio un aminoácido pesa 110 Daltons. ¿Cuántos aminoácidos aproximadamente hay en una proteína de 11000 Daltons (= 11 kDa)? 13. Usando como fuente de información el libro Horton et al. 2008, y el banco de datos de proteínas: RCSB PDB (https://www.rcsb.org/) resuelva las siguientes consignas: a) Completar el siguiente cuadro: Proteína Conformación estructural (número de subunidades y si son idénticas o no En inglés: Global stoichiometry Y protein chains Masa molecular en kD En inglés: total structure weight Número de residuos de aminoácidos. En inglés: residue count Función Nivel estructural Si tiene o no nivel 4° Hemoglobina (hemoglobin) 3WTG Mioglobina (myoglobin) 3V2Z Hexoquinasa (hexokinase) 1BDG b) Indique: ¿Cuál de esta/s proteína/s tiene/n grupos prostéticos? Defina grupo prostético. 14. El catabolismo de las proteínas comienzan con la proteólisis. Una vez hidrolizadas las proteínas los aminoácidos libres son catabolizados. Indique y explique brevemente los pasos que permiten el catabolismo de los aminoácidos. 15. Una vez que ocurre la desaminación oxidativa el ión amonio tiene distintos destinos de acuerdo a los organismos según el tipo de excreción; reconociendo los organismos amoniotélicos, uricotélicos y los ureotélicos. La mayoría de los vertebrados terrestres convierten el amoniaco de desecho en urea, producto menos tóxico, compuesto sin carga y muy soluble en agua, producido en el hígado y arrastrado por la sangre hasta los riñones donde es excretado como principal soluto en la orina. La Cátedra de Química Biológica – Facultad de Ciencias Naturales - UNSa urea fue descrita por primera vez alrededor de 1720, como la sal esencial de la orina. El nombre “urea” se deriva de “orina”. Observe la siguiente imagen y responde: a) ¿Cómo se denomina el ciclo? b) Indique las etapas previas que ocurren antes de la formación de la urea. c) ¿De dónde provienen los 2 átomos de Nitrógeno y el átomo de carbono de la urea? d) ¿Cuál es balance energético durante la biosíntesis de urea? BIBLIOGRAFÍA − CAMPBELL MK, FARRELL SO. 2009. Bioquímica. 6ta edición. CENGAGE Learning, México. − HORTON, H. ROBERT; MORAN, LAURENCE A.; SCRIMGEOUR, K. GRAY; PERRY, MARK D.; RAWN, J. DAVID. 2008. Principios de Bioquímica.4ta edición. PEARSON EDUCACIÓN, México − MCKEE, TRUDY Y MCKEE, JAMES. 2003. Bioquímica: la base molecular de la vida. 3ra edición. Mc. GRAW-Hill Interamericana, España. − VOET D., VOET JG, PRATT CW. 2008. Fundamentos de Bioquímica. 2° ed. Ed. Médica Panamericana.
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