Gracias por la pregunta, me parece muy interesante.
Aunque yo en lo personal no comulgo con la Teoría de la Isla de Toba pongámoslo en contexto. La erupción volcánica de la que hablamos debió suceder hace entre 70 000 y 75 000 años, época en la cual coexistían cuatro (tal vez menos) especies del género Homo a saber : Homo floresiensis, Homo neandertalis, Homo sapiens y el hominido de denisova; a este último lo podemos descartar por varias razones, aún no se sabe si es una nueva especie de homo.
Por esa época en Eurasia existía un complejo flujo genético entre Neandertales y Sapiens y así fue durante mucho tiempo y en varios periodos, lo anterior está ya perfectamente comprobado con varios estudios que nos dicen que el genóma humano contiene alrededor de 20% de genes neandertales.
Así que para el periodo de la erupción el Sapiens y el Neandertal ya eran viejos conocidos y su genoma ya estaba mezclado, por otra parte recordemos que estamos hablando de condiciones glaciales.
Ahora, suponiendo que efectivamente el cuello de botella haya sido dado por la erupción los efectos realmente palpables en la población humana no serían realmente espectaculares, pues estaríamos hablando de una situación similar a la actual; Me explico:
Lo que quiero decirte es que el comportamiento humano y la deriva génica han contribuido a la homogenización del genoma, tal vez la erupción pudo haber eliminado mutaciones que iban a ser eliminadas por la selección natural o la artificial; o tal vez pudo eliminar características como tipos de sangre diferentes a los actuales o colores de ojos que nunca imaginaríamos ahora.
Por lo tanto los efectos, creo yo, serían palpables en lo estético y en lo fisiológico, pudiendo tener genes tal vez más resistentes a enfermedades o más sensibles a las mismas u ojos de color rosa (exagero) y orejas puntiagudas (exagero más).
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